亚历山大主教提阿非罗陷害屈梭多模事件，也引发了亚历山大教会和君士坦丁堡教会之间的矛盾。公元412年，提阿非罗去世，他的外甥区利罗（也有翻译为西里尔）成为亚历山大主教，他担任亚历山大主教三十多年。基本上概括干了两件事情:第一，不遗余力打击异教；第二，狠狠地打击东部其它教会。
希帕蒂娅（370-415），出生于亚历山大的一个知识分子家庭，她20岁之前就几乎读完了当时所有大数学家的名著，包括欧几里得的《几何原本》，阿波罗尼奥斯的《圆锥曲线论》、阿基米德的《论球和圆柱》、丢番图的《算术》等等。后来，她去雅典继续学习哲学、天文、历史等，她有一句名言：“我只嫁给一个人，他的名字叫真理。”
公元412年，区利罗刚成为亚历山大主教就迫不及待地制定不允许女性读书的政策，其目的就是想铲除名声远胜于自己的希帕蒂娅。三年后，希帕蒂娅惨死，很多知识分子为了躲避区利罗的逼迫离开了亚历山大城。从此，亚历山大城走向衰弱。
区利罗靠着逼迫所谓的异教徒不仅坐稳了自己主教的位置，而且还成为亚历山大城真正具有实权的“统治者”。如果说他迫害异教属于明刀明枪，那么他打击其它教会则就是阴谋诡计。
君士坦丁堡大公会议“三位一体”是没问题了，但这时候另外一个问题却需要解决了，即耶稣的神人二性。最早谈论这个问题的是迦太基神学家特土良，他认为：“耶稣一生可以看见神人二境，并非混合一起，乃是神与人联合在一人身上。”因此，西部教会在这个问题上基本上没有多大的分歧。
但这个很清楚的问题在东部就是一个很大的问题，之所以这样就是因为东部使用希腊语，而西部很早就使用拉丁语，使用希腊语就会受到希腊思想观念的影响，神学问题必须有“哲学依据”。
公元428年，君士坦丁堡迎来新的主教，名叫聂斯脱利，也有翻译为聂斯托利。他年轻的时候在安提阿接受神学培训，他和屈梭多模属于师出同门。他一当上君士坦丁堡主教，就卷入基督论的争论当中。
关于基督神人二性，亚历山大学派更偏重基督的神性，而忽略基督的人性。安提阿在神学上起步比亚历山大晚，但却也有一位十分具有影响力的神学家狄奥多鲁，他是聂斯托利和屈梭多模的老师。他们在解经方面更趋向“字面解释”，不同亚历山大派的“寓意解经”。他们认为耶稣作为人而受试探受苦难的历史经验是真实的，基督神人两个位格是联成一起的。
作为君士坦丁堡主教的聂斯脱利虽然师出安提阿，但他并不想在这样的问题上令双方产生分裂，因此聂斯脱利算是二者的折衷方案。折衷并不意味着和稀泥，事实上聂斯脱利的看法最接近真相。这让区利罗非常气愤，更让他无法容忍，并且算是一个以“非常好的理由”打击聂斯脱利的就是聂斯脱利的另外一个观点。
关于圣母的看法，当时大家普遍都接受圣母乃“上帝之母”，但聂斯脱利认为应该称玛丽亚为“基督之母”，而不能是“上帝之母”。原本调和双方，结果两边不讨好，这样当时逆潮流的观念更是让人无法接受。
公元431年，区利罗上诉东罗马皇帝狄奥多西二世控告聂斯脱利。皇帝本人对聂斯脱利很信任，让他当君士坦丁堡主教本来就是皇帝的意思，所以就将此事搁置起来。但区利罗这个人搞政治迫害很有一套，他改向皇帝的姐姐普喀丽亚控告聂斯脱利。
普喀丽亚本来也倾向亚历山大学派，而且这时候东罗马的权力都在他姐姐手中。区利罗还给罗马的主教写了一份控诉聂斯脱利的信件，为了打压聂斯脱，区利罗可谓是用尽一切心思。最后，大家决定召开一次会议来解决问题，地点选择在以弗所。至于为什么选以弗所，也有很多不同的说法，比如当时以弗所的主教支持区利罗；以弗所人特别相信圣母上帝说；皇帝的决定等等。
431年6月22日，以弗所会议开幕。7月31日，以弗所大会结束，会议最终以压倒多数通过数项决议。这也是教会历史上第三次大公会议。其中最重要的就是定聂斯脱利主义和正在西部教会蔓延的伯拉纠主义为异端，聂斯脱利本人被流放，但很多人仍然支持聂斯脱利的说法，这也为不久后的迦克墩会议埋下了伏笔。
区利罗凭借以弗所会议的胜利获得了天主教的封圣，而接近真理的聂斯脱利责备定位异端。直到1994年11月11日，天主教才放弃对聂斯脱利的指控，并也接受了玛丽亚乃是“基督之母”的说法。
区利罗借以弗所会议推销亚历山大学派的基督论，但因为过于强调基督的神性，最后几乎演绎成了基督一性论。结果引发更大的冲突，无奈皇帝狄奥多西二世不得不召开第二次以弗所会议，这时候聂斯脱利和区利罗都已去世多年。
公元449年8月，第二次以弗所会议召开。这次会议糟糕透顶，在会场上双方人员就大打出手，最后不仅没有解决第一次会议留下的问题，而且还认为基督一性论是正统。亚历山大派又获得了胜利，但却得罪了罗马教会，反对者称这次会议为“强盗会议”。
公元450年，皇帝狄奥多西二世从马上掉下摔死，反亚历山大派的罗马教会决定再次召开会议，地点定在迦克墩。公元451年10月8日，迦克墩会议，教会历史上的第四次大公会议召开。此次会议确立基督神人二性，声明只有一位基督，祂是真上帝又是真人。基督的神人二性“不混合，不改变，不分割，不分离”。除此之外，还制定了《迦克墩信经》。
东方教会虽然对亚历山大派有意见，但对罗马教会组织的迦克墩会议结果也不满意。虽然此次会议确立了君士坦丁堡主教在东方教会享有特殊地位，但没想到正是因为这个决定，亚历山大教会和安提阿相继脱离君士坦丁堡的管辖，而且这次会议也彻底导致东西方教会的分裂。
早期东西方教会的历史（一）
