一谈到“宗教裁判所”，就有一种被教科书灌输的厌恶感，好像它就是逼迫科学进步的代名词，最典型的例子就是布鲁诺。宗教裁判所完全是因为异端而设立，因此它又叫异端裁判所。
1209年，教廷开始镇压迦他利派，虽然跨越二十年，但毕竟最后镇压下去了，并且还树立了教廷的权威，但教廷也在反思，难道每次面对异端都要这样吗？这代价也太大了，实际上在此之前面对异端，教廷也会派人去处理，但一直没有标准出台。
1224年，神圣罗马帝国皇帝对异端就执行过火刑，但他声称自己是“依法执行”，这为教廷提供了很大的思路。1231年，教皇格里高利九世制定并颁布了如何处理异端的教令，并且他将这一具体处理异端的事务交给了道明会。
教皇格里高利九世颁布了教廷的决议：第一，不允许任何平信徒购买《圣经》，也不允许任何组织和个人未经教廷许可翻译圣经。第二，教廷决定成立一个专门对付异端的特别宗教法庭，这个机构直属教皇本人，异端裁判人员直接向教皇本人负责。稍微有点常识的人都知道，异端裁判所特别容易成为教皇独裁的工具，这和纳粹德国的盖世太保道理一样，这属于另起灶炉，尤其特别容易激化教廷和当时各个国王的矛盾。
教皇格里高利九世原本就和神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世关系不好，甚至在1227年教皇开除了腓特烈二世的教籍，但在1228年腓特烈二世竟然在第六次十字军东征中，通过谈判的方式收回了耶路撒冷，教皇仍然不为所动，并进一步激化矛盾。
宗教裁判所原本是协助各个教区的法庭办事，主要处理异端分子，但因为直接隶属教皇本人，教皇也就有权力通过宗教裁判所间接架空国王。1239年，教皇格里高利九世和神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世直接对骂，教皇骂皇帝是个异教分子，这无疑就是告诉宗教裁判所负责人抓紧处理，皇帝骂教皇是个勒索鬼，教皇就是敌基督。
1241年，教皇格里高利九世准备召开会议处理皇帝，皇帝却将前往罗马的红衣主教全部抓起来，最后会议不仅没召开，教皇本人也去世了。教皇去世之后，教廷抓紧选新的教皇，这是教廷首次正式的秘密会议的选举，所有参加选举的红衣主教都被关起来，直到选出教皇为止。
但此次秘密选举很快就变成了红衣主教们的噩梦，因为一直选不出来新的教皇，在8月酷热的屋内，竟然致使一位红衣主教被憋死了，而新选出来的教皇只当了17天就去世了。红衣主教都逃到罗马，直到两年后他们才选出自己的新教皇英诺森四世（1243-1254）。
如果说教皇格里高利九世开启了宗教裁判所，那么教皇英诺森四世才是让宗教裁判所成为后世恐怖的代名词。实际上，格里高利九世因为设立宗教裁判的同年还颁布了赫赫有名的“科学之父”的谕令。即巴黎大学是自由的，可以自行决定教育的内容和形式，它独立于教会和国家，拥有自治权。换言之，相当于教廷单独将巴黎大学给保护起来了。从13到15世纪，巴黎大学成了除罗马教廷和神圣罗马帝国皇帝以外，成为欧洲第三个超级权力。
教皇英诺森四世一方面加强宗教裁判所的权力，他批准异端裁判所可以在审讯时动用严刑拷问嫌疑人，被告可能受到的刑罚包括：没收财产充公、鞭笞、监禁和终身监禁。若被定为异端罪者不愿撤销自己的异端思想，他的下场就是火刑。另一方面召开会议开除神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世的教籍，并且还宣布罢免他的皇帝之位，鼓励人们重新选择新的皇帝。
也不知道什么原因，教皇英诺森四世的决议很快就影响了神圣罗马帝国皇帝。1250年，腓特烈二世皇帝去世后，霍亨斯陶芬王朝很快就衰弱了，而这更让后来的宗教裁判所更肆无忌惮了。
