加尔文在1536年的《基督教要义》中写道：“整个神圣教义几乎都是由这部分构成，即认识上帝和认识自己。”但在1559年再版的时候，他做了改动，“我们所拥有的一切智慧，也就是那真实与可靠的智慧，几乎都是由这两部分构成，即认识上帝和认识自己。”
加尔文将教义改成智慧，说明他自己在信仰上的认识更全面，“教义”亦可翻译为哲理。用智慧取代教义，实际上意味着信仰不仅仅包含理性的成分，而且还包含具体的实践层面。
加尔文首先坚持的是圣言，因此他才特别强调教义，他认为如果不明白教义就无法得救。但同时他也说到：“然而这教义必须感动我们的心，影响我们的日常生活，使自己的心意更新而变化，结出果子来。”
认识上帝和认识自己虽是拥有一切智慧的两部分，但认识自己是基于认识上帝，“除非先仰望上帝，否则就不可能清楚地认识自己。”所谓敬虔，就是对上帝的正确认识，即使没有地狱，人们依然不敢激怒上帝，所以在没有基督的地方，就没有敬虔。
加尔文也指出并非只有敬虔的人才会经历上帝，不敬虔的人也有一种笼统模糊的尊敬，但他们更愿意相信上帝原本不存在。很多人并非真正不相信上帝的存在，而是不愿意有一位上帝高高在上约束自己。所以，不论敬虔与否，加尔文认为任何人都有对上帝的经验，即“直觉”。
加尔文认为这种直觉一方面根植于每一个人心中，每一个人都能感觉到；另一方面宗教的种子安置在每一个人的里面，一切宗教都由此而生。上帝不仅赐予人主观对上帝的感觉，而且还将宗教的种子种在人心里。加尔文说：“上帝还在创造宇宙的整个工作上天天启示自己。”因此，主观上的认识能力因客观上的启示得以补全，这类启示我们一般称之为普遍启示，普遍启示概括而言就是经验性认识上帝。
加尔文在关于认识与上帝的关系中，特别将头脑和心区分开，并且将心摆在了首要位置。就这一点他和经院哲学的传统对立起来，经院哲学则将理性放在首位。
至此我们看到，加尔文认为人对上帝的认识是与生俱来的，但他也认为正是我们的愚昧终致对上帝的认识毫无益处。在正确认识上帝方面，我们完全处在黑暗之中，但这黑暗在我们里面，完全不在上帝那里。简单地说，上帝的工作如此完备，而我们对此却是瞎眼的。
盲人面对太阳也不会看到任何事物，加尔文认为如果上帝不改变一个人的里面状态，即便将圣经放在他的面前也毫无意义，加尔文引进了圣灵的位格和工作，即“圣灵的内在见证”。所以，基督徒生活中的经验不仅与人论有关，而且还和圣灵有关。
加尔文谈到关于作为人，一方面要坦诚我们等于无有，甚至连无有也不如；另一方面还要祈祷愿我们知道自己的无有。即便如此，我们又如何被圣言所感染呢？答案是藉着圣灵的工作，圣灵在我们和圣言之间运行，因此信心就不可能从单纯的经验中产生，而是必然源于上帝的圣言，即信道是从听道来的。
有人评价加尔文对上帝的认识，加尔文的思想是一个椭圆，有两个焦点，对于智识的关注和对于内在经历的关注。正是这两个焦点一起使加尔文主义的火焰持续燃烧下去，如果去掉这两个焦点中的任何一个，这火焰就会熄灭。
