1896年，李提摩太第一次和孙中山见面，孙感谢李在山西赈灾方面所作的贡献.不过就满人的统治二者产生了分歧，孙认为满人一无是处，但李认为满人也有杰出的人才，而汉人中也有败类。因此他劝孙不要进行太激进的革命，中国需要的是改革。后来，孙的恩师何启也劝他不要太激进，但依然没有成功。
1900年，李提摩太再次见到孙中山，当时孙正忙于制定推翻清政府的计划，两人因意见不一分道扬镳。李提摩太认为关于中国的变革；一种是革命，另一种是改良。他不赞成革命是因为暴力容易带来可怕的后果，拔剑者必死于剑下。
1908年，慈禧和光绪去世，溥仪不过是一个三岁小孩，满人贵胄罢免汉人重臣袁世凯，结果革命迅速蔓延而无法被制止，很多无辜的百姓在战争中死去。最后，满清只好请袁世凯重新处理残局。
辛亥革命爆发后，孙中山迅速从英国回来，他被推举为中华民国临时大总统，袁世凯被任命为内阁总理。三个月后，袁世凯答应孙促成清帝退位，算是中国历史上少有的“光荣革命”，袁世凯因此成为中华民国正式大总统。李提摩太认为，这是孙一生中走得最聪明的一步，他自己没有从政经验，而袁世凯当时是中国最具有经验的政治家。孙被任命为交通总长，在这个职位上他也毫无建树。
袁世凯上台后通过军事很快将一盘散沙聚到一起，为此袁世凯向外国借款，而这也成了孙抨击袁的借口，认为他违反了《宪法》。李提摩太劝告孙不要发表这样的言论，但孙坚持己见，最后孙再次踏上流放之路。
袁世凯称帝失败在于满足了自己的虚荣皇位，而非淹死在民众的唾骂声中。当时，大多数人都十分感谢袁世凯，辛亥革命不久后他就邀请改良派康有为和梁启超回来，他俩都十分支持君主立宪，而非共和。虽然康有为拒绝任何职务，但梁启超担任了司法总长。
1913年，李提摩太在北京会见了梁启超。李表达了对辛亥革命很失望，辛亥革命后中国依然混乱的局面在于人的野心和贪婪，但不是满人的野心和贪婪，而是汉人。这种局面阻碍了在中国建立一种合理的教育制度，甚至有人开始宣称，宗教是人类最不需要的东西，这种思想对后来的新文化有着很深的影响。
新文化一方面反传统、反孔教、反文言，另一方面提倡民主与科学(旧称“德先生”与“赛先生”)。他们对基督教的看法大致有四种；
第一否定论，认为基督教反科学，反理性，靠着基督教无法认识世界，从进化论的观点看是倒退的迷信。
第二取代论，这是蔡元培的观点，他于1917年在《新青年》发表文章“美育代宗教”，人懂得美学或者说如何欣赏美，就可以取代宗教；另一代表人物胡适，提出人生三不朽来取代灵魂不朽，“立德（道德）、立功（功名）、立言（著书立说）”。
第三选取论，1920年陈独秀在《新青年》发表《基督教与中国人》、在文中他肯定了基督教的一些价值观，比如；博爱、牺牲精神、宽恕，这都是中国人及其需要的，但是他却放弃了圣经中记载的超自然的神迹奇事，他选取的是基督教精神。
第四二元论，这个影响最大，尤其在知识分子中，他们认为宗教和科学是两个完全不同的领域，各有各的范围，彼此都不应该也不能越权，代表人梁溯溟，他认为宗教探讨的是伦理范围，而科学是追求客观真理，这是今天所谓的唯心与唯物的开始。这种观点比较“温和”，大家互不侵犯，和平共处，知识分子经常说的一句话：“我尊重你的信仰，而且人也应该有信仰，但我相信科学”。换句话说，虽然他们好像是有神论，但是实际只是停留在“论”上，对于神他们并不相信。
新文化运动对中国知识界的影响非常巨大，甚至成为中国文化界的分界线，从此基督教在中国的地位越来越小，因为他们的口号是只要德（民主）先生与赛（科学）先生，所以福音在中国知识分子面前几乎寸步难行。新文化运动对基督教的攻击也非常彻底，他们的动机非常明确，头脑却异常的冷静，言语温和但非常坚定，尤其二元论的看法迅速占领了中国最前沿的阵地，即知识分子。
基督徒需要立场坚定，一定要阐明圣经的权威性，基督教的客观性，破除知识分子理性上的障碍，不一定使用科学的方法证明信仰，但要表明信仰的合理性。理性总是无法得到满足，一个问题解决了，一个新的问题马上形成，同时我们也要尊重理性，否则信仰容易陷入迷信和异端，个人的见证与理性要平衡。
