明神宗万历四十四年（1616年），基督教在中国遇到第一次教案。礼部侍郎署南京礼部尚书沈榷一向偏爱佛教，对基督教毫无好感，于是带着一班仇视基督教的人逼迫基督徒。其实，他在利玛窦死后就蠢蠢欲动，想起来排除基督教。当时控告的罪名如下；
1）控告传教士送礼物给中国人是为了收买人心，以致在适当时候可以倾覆中国。
2）传教士曾帮助中国修历，推算日蚀、月蚀等日期。沈灌认为传教士以西洋方法治历，违反尧舜一向的做法，是有意变乱中国传统。
3）沈灌指控传教士破坏儒家文化，教导人不拜祭祖先，这更是中国人不能容忍的。
早期的“礼仪之争”仍属于基督教学术问题，并未演化成国家之间的政治议题，但随着在华天主各修会的竞争加剧，各自为了寻求罗马教廷的支持，争论才演化成政治事件，而罗马教廷态度多次转变也加剧了矛盾的升级。
1643年，多明我会士黎玉范返回欧洲，向罗马教廷传信部提出十七个问题，控告耶稣会士。比如；
中国信徒是否应与其它天主教徒同例，每年举行认罪及圣餐一次？
教士对妇女行洗礼时，可否不用口津及盐，以及免除过量之涂油？
中国信徒放债时，是否允许其征收百分之三十的利息？
如何以放债为生？在其皈信天主之后，是否让其继续经营此种营业？
是否允许中国信徒向社会祭神典礼捐献财物？
中国信徒是否可以参加政府举行之祭典？
中国信徒是否可以参加祭孔典礼及丧葬祭拜之仪？
中国信徒是否可以参加祭拜祖先牌位之典礼及举行其它祀祖仪式？
在对中国人举行洗礼之先，应否告其天主教之教义绝对禁止敬拜偶像及举行其它祭典？
中国信徒尊敬孔子，可否用“圣”字？
中国信徒在其会堂中所悬匾额，对于皇帝应否用“万岁”字样？
对于中国非信教徒，可否举行弥撒典礼？
道明会的反对以及教皇的支持，引起中国人的不满，耶稣会人士为此颇为担忧，因此附加了八条变通的办法：
1）准许教友家中供奉祖宗牌位；牌位上只许写先考、先妣姓名，两旁加注天主教孝敬父母的道理。
2)准许中国对于亡人的礼节；但是这些礼节应属非宗教性质的社会礼节。
3)准许非宗教性质的敬孔典礼。孔子牌位若不书写“灵位“等字，也可供奉，且准上香致敬。
4)准许在改正的牌位前或亡人棺材前叩头。
5)准许在丧礼中焚香点烛，但应当声明不从流俗迷信。
6)准许在改正的牌位前或亡人棺材前供陈果蔬，但应当声明只行社会礼节，不从流俗迷信。
7)准许新年和其它节日在改正的牌位前叩头。
8)准许在改正的牌位前焚香点烛，在墓前供陈果蔬。
双方的彼此争吵让当局者痛下决心，禁止任何一方传教，中国真正地开始了闭关锁国，禁止宣教的同时实际上也禁止了西方科技的进入。修士的精神值得鼓励，并且还专心研究中国人的文化为后来的宣教士做铺垫，但过多的迎合中国文化不免又落入混合主义的危机，而且“礼仪之争”一直没有得到妥善的解决。
