《易经·系辞》：“形而上者谓之道,形而下者谓之器。”朱子则直接使用“理”代替“道”，“形而上者，无形无影是此理；形而下者，有形有状是此器。”朱子认为即便没有物之前，理就已经存在。“理”是事物之所以然，而宇宙终极之理则是“太极”。太极不仅是宇宙万有之理，同时还内在于每个个体之中。
如果只有“理”，物质世界如何形成呢？朱子认同 “气聚而成”，至于“理”和“气”孰先孰后，朱子则说：“理未尝离乎气”。在朱子看来在哲学本体论上探讨“理”和“气”的先后没有意义。或者说在宇宙论上，朱子的观点属于“理气”二元论。
儒家没有创世纪，也没有世界末日，故“天理”最后只剩下人心对“理”的判断。正如后来戴震所言：“理得于天而藏于心。”人心能明白理，这是心的自由，但这种自由只是给人以为善的自由，故不自由。
关于恶的来源，朱子提出了“气禀之说”。人类之“理”共同，但禀气每个人都不同，“禀气之清者，为圣为贤；禀气之浊者，为愚为不肖。”简单地说，“理”是人之所以为人之理，而“气”则是人之所以各不同之由。或者说，在“理”的世界中当然存在一个绝对完美的“圆”，但在“气”的世界中则不可能有完美的圆。所以“理”也只能是善，而恶则是因为“气”的结果所导致。
朱子认为孟子只论“性”，而没有“气”；而荀子论性，但其实只是“气”。故长期以来“天命之性”和“气质之性”一直处于高度紧张之中，所以朱子才说“圣贤千言万语只是教人明天理、灭人欲。”“天理”就是孟子的“人性善”，“人欲”就是荀子的人性恶。朱子使用饮食来讲“天理”和“人欲”，“饮食者，天理也；要求美味，人欲也。”可见，朱子认为真正的“人欲”应该是“私欲”，而正当的“人欲”则符合“天理”。
正是因为个体禀受“气”不足或有缺陷，所以不能将万物之理充分表现出来，人才需要“格物致知”和“用敬”。“格物”是从有形之物开始，目的是为了掌握物之“理”，即“致知”。“用敬”是为了避免单纯的“格物”，这样会陷入一种纯智力活动。中国后世“敬业”精神就是从这里发展而来，“敬”也是对“勤”的发展。朱子反对懒，也反对闲，他劝人多读书。人原本就“理弱气强”，故圣人教导“理”以制“气”，这也是我们常讲“勤能补拙”的理由。不论禀气如何，关键要在“勤”字上下功夫。“关门独坐，不可能成为圣贤。”
朱子同意程颐的“性即理”之说，“仁义礼智”以理言之最好不过，知道此“理”，方能有恻隐、知羞耻、辩是非也。正如论药性，性寒、性热药上并无，但服药之后就可以明白，故“性即理”。但“心”不是“理”，心是思想、感觉之类的具体活动，它只是可以推出“理”。
儒家思想终究讲的是人生，故朱子劝人多读书，或者说“博学明理”。只有对“理”的积累才能制约人的“私欲”，他本人可谓是中国古代少有的博学之人。我们今天一讲到“存天理灭人欲”，就觉得这是古代的封建迷信思想，那是一个不明白人生之“理”之人的借口。难道人不应该明白“仁义礼智”吗？或许有人认为，明白了做不到不就更虚伪了吗？何况每一个人也未必能做到博学，故才有“陆王心学”与之平衡，但我们不应该责备朱子。
