宋明儒融佛归儒，这是中国思想史上的一大贡献，但宋明儒始终偏重个人。直到明末，明儒们开始从个人转向社会大群，其中最有代表的就是明末三大儒黄宗羲、顾炎武和王夫之。
“宋明理学”不能一概而论，宋儒尊四书，但学术尚未被官方统一，故大家可以博览群书自由辩论。明朝则不同，科举取士则是以朱子注释为官方唯一标准，故明儒主要读朱子注释。后有王阳明与朱子背驰，很快他的门徒遍布天下，流传逾百年，嘉隆后笃信程朱理者几乎很少了。
清军南下，顾炎武举义兵失败，昆山城破，其母不屈绝食而亡，顾炎武奉母遗命，至死不食清禄。一生辗转，行万里路，读万卷书，创立了一种新的治学方法，成为清初继往开来的一代宗师，成为清学“开山始祖”。
他对王阳明“心学”的泛滥深恶痛绝，认为其罪“深于桀纣”。他认为“心学”之本质是“内释外儒”，其违背孔孟之道，故明朝灭亡。现在看这个理由当然非常牵强，明朝灭亡不在于“心学”的泛滥，即便明朝以正宗孔孟之学为根，也不一定能千秋万世。但亦不能否定顾炎武的贡献，顾炎武排斥陆王虽有奉程朱之嫌，但也并非奉程朱理学，而是以“经”代“理”。
“理学”的发展在朱子那里几乎登峰造极，后人只能另辟新路，而顾炎武的“经世之术”可谓是为后来程朱考证学开了先河。顾炎武非常务实，“天下兴亡匹夫有责”，而不是空谈，在这一点上他不同于程朱理学，故被称之为“儒家经学”或“朴学”。
黄宗羲其父乃明朝忠臣，被魏忠贤陷害，为报父仇。后来当众锥刺许显纯，痛击崔应元，并拔其须归祭父灵，人称“姚江黄孝子”。他的《明儒学案》其史学造诣之高可以和王夫之相伯仲，虽有人认为《《明儒学案》有为王阳明辩护而作，但其史学观点亦十分客观。
黄宗羲因为精研史学，非常熟悉古今治乱兴亡之事迹，故不落入抽象之说，使人读之倍感痛快之趣味。他说：“不足以经世，欲免为迂儒，必兼读史。”他认为天地都是“心”，由此扩大了“心即理”的范围，所以肯定谈不上反对王阳明，但他认为将讲学放在修德之前不对，这很容易落入空谈。就经世致用这一点，黄宗羲和顾炎武没有区别，这原本就是“儒家经学”的特点。
黄宗羲和顾炎武一样，亡国之痛终身不忘。但他又不同于顾炎武的解决方案向孔子孟子取经，最后发展出清代考证之学，而是提出了“古者以天下为主，君为客”的思想。这种思想实际上是以史为鉴，而以孟子的“民贵君轻”为据。近代康有为、梁启超等人提出来君主立宪多是从黄宗羲的思想中获得。
明儒不同于宋儒的另外一个特点就是明儒讲究宗派，并且每家都有自己的宗旨，这可算是王阳明入佛操戈带来的结果，佛教多讲宗派，儒家思想怎么能有宗派呢？“理学”渊源虽然大致也有“濂（周敦颐）、洛（二程）、关（张载）和闽（朱子）”四派，但只是学术上的区分，并不同于后来明儒宗派之分。王阳明一派就有浙中王、江右之王、南中之王、楚中之王、北方之王、粤闽之王等。
王夫之精通关洛闽学术，因此算是支持程朱理学，貌似反对心学。由“心学”到“史学”算是明末思想转变的一大特征，这一点王夫之和黄宗羲基本一样。但就程朱理学而言，王夫之却反对形而上为道，形而下为器的传统见解，他认为“天下惟器而已”。
王夫之认为一般原理存在于具体事物之中，而不可说具体事物依存于一般原理。他反对佛教和道教那种脱离“体”而凭空构建一大套的理论，实际上是一种虚幻，正统儒家思想不能总是跟着佛道跑进虚幻之中。后来颜习斋就痛批程朱理学，“请画二堂，一堂上坐孔子，一堂上坐程子，前者习礼，后者静坐。”颜习斋言：“为主静空谈之学久，必至厌事废事，遇事即茫然。故误人才，败天下之事者，宋人之学也。”
关于人性的观念，王夫之认为“性者，生理也，日生则日成业。”王夫之看重的是后天环境对人的影响，他不否认基因对人的影响，但基因也多半会受到环境的影响，他反对的是没有穷尽的向前推溯，这势必会导致虚无。他说：“古之善言性者，取之有生之后。”而非出生之前人性如何？这实际上是一种悬空，因此王夫之的务实思想依然是明末的主要特征。他说：“虚极静笃，长年永日而冥安矣。”
关于“心”的论述，王夫之更为精彩。他说：“心无非物也，物无非心也。”他认为“敬”和“静”都是入佛出儒，儒家正统思想都主张入世，既入世就应该在世有所为。人生都有“有”，竭力发挥“有”就可以，不要讲虚，而“敬”和“静”都属于虚。王夫之的思想遗憾是没有传人，怨就怨后来的清朝只能在考证上做文章。
