李司提反從昆明返回昭通的途中突然失蹤，至今還沒有一個結論。當時失蹤並得到消息後，肯定家裡人找了不知多少遍，不過，到最後也沒有找到。
關於他失蹤的年份，一般認為是1919年。而據張導惠1921年在Missionary Echo上提到了李司提反失蹤了的情況來看，似乎這一年才是他失蹤的確切年份。總之，失蹤年份的範圍介於1919-1921之間。
李司提反在回家的路上，遭遇了“劫掠”，這是目前也是最合理的解釋。那麼究竟被人劫掠了，以至於害命呢？
直到1926年，從聖道公會秘書斯特德福特( C.Stedeford)的筆下，我們還可以看到李司提反的名字。
斯特德福特1926年寫有一篇“李司提反還活著嗎?”的小短文，再次重申了李司提反的可能下落。其中有句話說到:高志华牧师的一份出色報告有望激發這個問題。 他在給父母的一封信中說:我們的傳教士李司提反的哥哥李约翰在昭通遇到了一個人，这个人說他在Baboo Land(东川一带)見過司提反，並帶來了他的消息。
這個消息就是，曾有人聽到一個類似的故事:故事中的主人公就是被當時居住在Baboo Land的人劫了去。至於他是否被買為奴隸或是謀害了性命了，那就不得而知。這很有可能就是李司提反，以至於李約翰聽到這個事後，親自前去Baboo Land尋找——在高志華的陪同下。所以，就算過去了幾年，他的家人還依然沒有放棄尋找他的下落。而最可能的，就是他在回昭通的路上遭遇了“劫匪”。是劫財後殺害了，還是帶回去做奴隸了，亦或是帶回去做奴隸後不久就離世等，就很難弄清了。
