据史料记载，最晚至1139年，教会所允许惩罚异端唯一的方式就是革除教籍。虽然当时也有对异端杀死的情况，但这种方式受到教会的严厉谴责。圣伯纳德（1099-1153）说：“信仰不是靠强迫，而是靠说服产生。”但随着伯纳德的去世，这种宗教上的宽容就开始渐渐远行。
1198年，教皇英诺森三世开始鼓励信徒搜捕异端，因为这时候人们普遍认为异端是对上帝犯下的最严重罪过。1229年，教皇格里高利九世批准成立一个修士团体，专门负责侦破异端。不过，直到1234年，宗教裁判并无意，实际上他们也没有权力，对嫌疑人进行肉体摧残。当时，对异端惩罚主要是侮辱性的苦行，比如强迫异端去朝圣，而且受罚之人一旦悔改，就可以重新被教会接纳。只有极少数者才会被交给世俗的司法机构审判，但就世俗司法机构到底有多大的权力来惩罚异端，还存在很大的争议。
纪伯纳是一位多明我会修士，也是一位宗教审判官。在1307-1324年期间，他判定的异端分子多达1000人。纪伯纳把自己的工作方法和经验详细记录下来，集结成《审判异端指南》一书。这本书教导宗教审判官如何审问可疑的异端，通过提出刁钻古怪且布满陷阱的问题，让被审问者稍有疏忽就可能被贴上异端的标签。《审判异端指南》这部书算是奠定了宗教裁判所的基调，就是永远不要让证人掌握主动权。
1307年，法国国王腓力死世因为嫉妒圣殿骑士团的财富，便在法国境内率先展开对圣殿骑士团成员的大规模抓捕。教皇克雷芒五世起初对腓力四世的行为表示谴责，但在法王的压力下，最终发布了相关教皇谕令。教皇克雷芒五世下令以异端罪名逮捕所有基督教国家的圣殿骑士团成员，并没收其财产交由教会处置。
英国国王爱德华二世刚开始抵制教皇的命令，但在教皇的威逼下屈服，好在在执行的时候提前泄露消息，以保证英国圣殿骑士团成员有充足的时间可以逃到苏格兰。不过到1401年，烧死异端在英格兰已经合法化，这标志着国际性宗教裁判所体系开始形成。可疑的异端一旦被教会逮捕，就会被交给世俗法庭审讯，因为教会不希望弄脏自己“圣洁”的手。毫无疑问异端最终会承认自己的罪，如果拒绝承认，就会被一直折磨到认罪为止。一旦认罪，就会被绑在火刑柱上烧死。
巴尔多鲁（1313-1357）的著作促使火刑成为当时最盛行的异端处理方式。他的根据是“人若不常在我里面，就像枝子丢在外面苦干，人拾起来，扔在火里烧了。”尽管欧洲各国对异端的逼迫已经非常残酷，但比起西班牙还是小巫见大巫。
西班牙是一个多元化的国家，摩尔人在这个国家生活了将近七个世纪，还有大量的犹太人。1492年“收服失地运动”结束后，西班牙国王斐迪南就迫不及待的对异教进行大清洗。这位支持哥伦布的国王，曾在1478年就恳请教皇西斯笃四世，允许他们组建适合西班牙本土的宗教法庭。
西班牙宗教裁判所刚开始主要针对改教的摩尔人和犹太人，他们并不相信他们改教，之后扩展到天主教异端、新教成员和共济会成员等。为提高镇压效率，当局鼓励民众互相检举、互相揭发。一旦被告发，不管证据看起来有多荒诞，都会被移交给宗教裁判所审查。
当疑犯被西班牙宗教裁判所关到地牢后，他们的财产会被全部没收，而官方的说法是这些财产会用来支付他们在监禁和审讯期间产生的费用。在这里施刑的种类与方式是随机的，完全取决于审判官的个人情绪，以及手头上可利用的酷刑设备。
西班牙宗教裁判所的各种无法用语言描述的残忍行为，甚至还引发教皇西斯笃四世的不满。更可怕的是当一个被控为异端的嫌疑犯，如果他在自己的家人和朋友中间，揭发一定数量的“异端分子”，他本人就可以被赦免。对于不合作的疑犯，等待他们的就是被火烧死，幸运的是很多人在没有被火烧死之前就被活活折磨致死，然后依然会被烧“死”。
西班牙并不满足在自己的国家散布死亡的恐怖，在整个十六世纪，低地国家（比利时、荷兰和尼德兰）全部处于西班牙恐怖统治之下。西班牙宗教裁判所直到1808年还存在，教皇虽然在1816年下令禁止刑事逼供，但直到1821年，酷刑才被废止。我们根本无法统计，到底有多少人死在西班牙宗教裁判所的酷刑之下。第一任西班牙宗教裁判所大审判官托儿克马达，在他十七年的履历中，仅仅他一个人就将超过一万人送上火刑柱，并把超过十万人送进犹如地狱的监狱。
1834年，西班牙宗教裁判所才正式取消。人类的历史伴随着文明，也伴随着无尽的黑夜，但西班牙宗教裁判所这三百年，可谓是人类历史最漫长的黑夜，几乎人类所有的文明在这里全部被摧毁。这是人类所经历的最大苦难之一，不是由于天灾，完全是人祸。
